רבים נמצאים ונמצאות במערכות יחסים זוגיות מכבדות ורגישות. המערכת מורכבת מהקשר שנוצר בין שני בני/ות הזוג. כל אחת ואחד מביא/ה לתוך המערכת את סיפור החיים, חוויות ממערכות יחסים בעבר וגם את החלקים הפגועים.
מערכת יחסים, שבה אחד או אחת מבני הזוג עברו פגיעה מינית בעבר, מציבה אתגרים רבים לבני ובנות זוג. רבים עוברים זאת בלי הבנה או קישור בין דברים שמתרחשים בקשר לחוויות העבר של בן הזוג הפגוע. יש כאלה שלא מצליחים להתמודד ומערכות היחסים הן כמו רכבת הרים שלא מפסיקה להסתובב. חלק יבחרו בטיפול זוגי, חלק מחליטים לסיים את הקשר.
פגיעה מינית פוגעת בבסיס האמון של הנפגעת או הנפגע. ברגע אחד גופם מושחת, מושפל ואתו נפגע דימוי הגוף, הדימוי העצמי, הביטחון, האמון וכיו"ב. יש נפגעות ונפגעים שקוברים את הפגיעה עמוק ואינם רוצים לפתוח. יש אחרים ואחרות שבוחרים לגשת לטיפול ולפתוח את הפגיעה והשלכותיה על נפשם. לפעמים מפתחים הנפגעות והנפגעים דפוסי תקשורת שונים לאחר הפגיעה, לא תמיד הם/ן מודעים לכך. הניתוק (דיסוציאציה) שיכול להתפתח בעקבות הטראומה משפיע רבות על היכולת ליצר אינטימיות, לרבות אינטימיות מינית.
בזוגיות שבת הזוג או בן הזוג עברו פגיעה מינית, הדברים יכולים לבוא לידי ביטוי בדרכים רבות – קושי לתת אמון בבן הזוג, קושי לשחרר ולאפשר מרחב, קושי לאפשר מרחב לילדים (במקרים בהם יש ילדים) מתוך פחד שהם יפגעו, קושי או פחד להביא ילדים לעולם, קושי או חשש שבן הזוג הוא "פוגע" פוטנציאלי (בעיקר אצל נפגעות גילוי עריות), קושי לקיים יחסי מין ועוד. חשוב להבין שהקושי הוא לא רק בהיבט של יחסי מין בין בני הזוג. הדבר יכול לבוא לידי ביטוי גם בביטויי חיבה לרבות חיבוק, מגע וכיו"ב. מצד אחד יש רצון לקרבה, אך קרבה יכולה ליצר באותה נשימה קושי ותחושת מחנק.
לעיתים תהיינה התפרצויות כעס וזעם, הם לא יבינו למה נזרקו לאוויר המילים האלה? מאיפה הכעס העצום שהרגע יצא כלפי בן או בת הזוג או כלפי הילדים? הדבר מיצר מתח ותסכול רב אצל שני בני הזוג. יש מקרים שסיפור הפגיעה מוסתר מבן או בת הזוג ואז אחד הדברים שעולים בטיפול הוא חשיפה של סיפור הפגיעה והבנה שחלק מההתנהגויות הן ביטוי של הפגיעה.
היכולת לפתוח את הסיפור בין בני הזוג, לפתוח את מורכבות הדברים ולקשר בין ההתנהגות בהווה לבין הפגיעה היא משמעותית לחיזוק הקשר, להכלה ועזרה של בן הזוג ולמציאת כלים משותפים. הגילוי יכול לייצר אמפתיה, להפחית את הכעס או לפחות לייצר הבנה, כאשר השלכות הפגיעה מציפות.